Православный институт св. ап. Иоанна Богослова учрежден по благословению Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II в 1993 году. Российский Православный институт св. ап. Иоанна Богослова продолжает основную историческую линию русского классического образования, став преемником Славяно-греко-латинской академии, от которой берут начало две ветви российского образования — богословская (Духовные Академии и семинарии) и светская (Университеты).