Предшественником «Национального Тайваньского Университета» был «Императорский университет Taihoku» (японское название Тайбэя), основанный японцами в 1928 году.
Первым ректором университета был доктор Shidehara Tan Tairaka Hiroshi.
Когда университет Taihoku был основан, в него входило два факультета: факультет гуманитарных наук и юриспруденции и факультет естественных наук и сельского хозяйства.
Общее количество студентов на тот период составляло 60 человек.
Медицинский факультет и факультет технологических разработок были добавлены в 1936 и 1943 годах соответственно. Факультет естественных наук и сельского хозяйства был также разделен на два факультета в 1943 году: факультет естественных наук и факультет сельского хозяйства.
Факультет сельского хозяйства был разделен на три секции: сельского хозяйства и лесоводства, медицинский факультет и институт тропической медицины.
После Второй мировой войны правительство Тайваня возобновило деятельность университета Taihoku, переименовав его в «Национальный Тайваньский Университет» 15 ноября 1945.
Новый университет возглавил ректор доктор Lo Tsung-lo.