Университет был создан в 1930 году и стал первым в мире вузом гидрометеорологического профиля. В 2011 году РГГМУ признан лучшим университетом России по организации и выполнению проектов ТЕМПУС и Эразмус Мундус. В этом же году на базе университета была создана технологическая платформа «Технологии экологического развития». В том же 2011 году Российский государственный гидрометеорологический университет стал обладателем «Мегагранта» — гранта Министерства образования и науки РФ на привлечение в высшие учебные заведения страны учёных с мировым именем. В рамках программы «Науки о Земле» научными исследованиями в РГГМУ занимается известный французский учёный Бертран Шапрон из научно-исследовательского института изучения и эксплуатации ресурсов моря IFREMER. Теперь Бертран Шапрон возглавляет научные исследования по направлению «Спутниковая океанография» в рамках созданной в университете лаборатории мирового уровня.