22 сентября 1993 г. была создана Российская таможенная академия, которой был присвоен статус федерального государственного учреждения.
С первого дня создания Академия и ее филиалы были ориентированы на подготовку специалистов в соответствии с международной стандартной квалификацией образования, принятой ЮНЕСКО, и используют в этих целях возможности действующей в Российской Федерации многоуровневой системы высшего образования.
Российская таможенная академия является головным учебным, научным и методическим центром профессионального образования кадров для таможенной службы России и государств-членов Единого экономического пространства (ЕЭП).