Стоматологический факультет готовит врачей-стоматологов по специальности "Стоматология" для Российской Федерации. Обучение ведется по очной форме (на бюджетной и внебюджетной основе). Срок обучения составляет 5 лет. Число преподавателей с учеными степенями и званиями составляет более 70%.
В вузовском Центре освоения практических навыков открыт современный, хорошо оснащенный фантомный класс на шесть стоматологических установок. Для расширения возможностей факультета в преподавании клинических дисциплин выполнен проект университетской стоматологической поликлиники. Кафедры стоматологии располагают современной учебной базой (стоматологическое отделение областной клинической больницы, областная стоматологическая поликлиника). Площади, используемые факультетом, постоянно расширяются за счёт заключения договоров о взаимном использовании помещений между медицинским университетом и стоматологическими поликлиниками города Ярославля.