Факультет образован в 1998 году для подготовки специалистов с высшим образованием по специальности «Фармация» с квалификацией «Провизор». В настоящее время на факультете обучаются российские и иностранные студенты на очной и заочной форме. За период существования фармацевтический факультет подготовил для здравоохранения и фармацевтической отрасли края, ЮФО и РФ более 900 специалистов с высшим фармацевтическим образованием. Обучение на факультете осуществляется на кафедрах медико-биологического, фармацевтического и клинического профиля. Основная выпускающая кафедра факультета — кафедра фармации, которая включает многие дисциплины специального профиля.