Факультет фундаментальной медицины был создан в 1992 году. Деканом-организатором воссозданного медицинского факультета Московского университета был назначен доктор медицинских наук, профессор О.С. Медведев. С 2000 года факультет возглавляет академик РАН В.А. Ткачук.
Сначала на факультете велась только подготовка врачей (специальность «Лечебное дело»), а с 2008 года ведется преподавание и по специальности «Фармация». Срок обучения по обеим специальностям — 6 лет. По окончании факультета выпускнику по специальности «лечебное дело» присваивается квалификация «врач», выпускнику по специальности «фармация» присваивается квалификация «провизор». Во вкладыше к диплому отражается специфика подготовки специалиста на ФФМ МГУ.
Благодаря концентрации в МГУ лучших научно-педагогических кадров будущий врач или провизор может получить полноценное фундаментальное образование по математике, физике, химии, биологии. Именно эта особенность университетского образования объясняет название вновь созданного факультета — фундаментальной медицины. Образование по клиническим дисциплинам студентам-медикам обеспечивают лучшие клинические центры города Москвы. Выпускники факультета становятся врачами, способными заниматься как клинической практикой, так и медицинской наукой.
Преподавание дисциплин на факультете ведется на высоком научно-методическом уровне. Компьютерная сеть факультета позволяет проводить лекции с использованием мультимедийных комплексов, международные видеоконференции и вебинары обеспечивают современный уровень исследовательской работы. На кафедрах факультета проводятся исследования по актуальным проблемам медицины: генная клеточная терапия, регенеративная медицина, перинатология, адаптология, экстремальная медицина. Новые методы диагностики и лечения, новые лекарственные препараты и приборы — результат разработки этих научных направлений.