ИСАА был создан в 1956 г. как Институт восточных языков (ИВЯ) на базе ряда кафедр исторического и филологического факультетов Московского университета, в стенах которого изучение языков и культур Востока ведет отсчет с 50-х гг. XVIII в. В 1972 г. Институт восточных языков был реорганизован и переименован в Институт стран Азии и Африки МГУ (ИСАА). В 1989 г. факультеты ИСАА были преобразованы в отделения. В настоящее время в Институте функционируют четыре основных отделения: филологическое, историческое, социально-экономическое и политологическое.
ИСАА сегодня – это более 300 высококлассных специалистов, из которых 56 – доктора наук и 110 – кандидаты наук. Для чтения курсов и лекций в институт приглашаются известные ученые из ведущих учебных и академических заведений Европы, США, стран Азии и Африки. На открытой площадке ИСАА регулярно выступают российские и зарубежные эксперты, действующие политики и дипломаты.