Обучение ведется в очной форме, на бюджетной и контрактной основе, срок обучения - 6 лет. По возможности студенты-контрактники могут быть переведены на бюджетную основу.
Студенты педиатрического факультета проходят обучение на кафедрах и клиниках Университета и на клинических базах.
Основными клиническими базами являются детская городская больница №1 (Санкт-Петербург, ул. Авангардная, д. 14), перинатальный центр Северо-западного федерального медицинского исследовательского центра им. В.А. Алмазова (Санкт-Петербург, ул. Аккуратова, д. 2) и детская городская больница №5 им. Н.Ф. Филатова (Санкт-Петербург, ул. Бухарестская, д. 134).
Студенты педиатрического факультета проходят производственную практику на клинических базах бюджетных лечебно-профилактических учреждений города Санкт-Петербурга и Ленинградской области, с которыми Университет заключил договор.
При согласовании с деканом студент может пройти производственную практику в лечебном учреждении по выбору.