Становление факультета началось в 2001 году, когда была создана кафедра «Экологии и природопользования» и произведен первый набор студентов.
В настоящее время на факультете существует четыре кафедры – Общего и прикладного природопользования, Водных биоресурсов и аквакультуры, базовая кафедра Геоэкологии и природопользовании полярных областей, кафедра Физической культуры и валеологии.
На факультете имеется возможность получения образования по всем уровням, существующим в настоящее время.