Факультет экономики, менеджмента и предпринимательства образован в 1992 г. для подготовки специалистов по управлению различными аспектами деятельности бизнес-организаций в условиях рыночной экономики. Это старейший и самый большой факультет академии, в котором в настоящее время обучаются более 500 студентов очной формы обучения. В 2011 г. в период реструктуризации академии произошло объединение двух факультетов: менеджмента и предпринимательства и экономики и управления, — теперь это факультет экономики, менеджмента и предпринимательства.
Обучение организовано в форме функционально ориентированной непрерывной подготовки по трем укрупненным направлениям подготовки: гуманитарные науки; экономика и управление; автоматика и управление.