Факультет навигации и связи был образован в декабре 2012 года путем слияния двух старейших факультетов морской академии: судоводительского и радиотехнического. Подготовка морских штурманов в вузе ведется с 1876 года, а специалистов в области морской радиосвязи – с 1944 года. Для обеспечения Конвенционной подготовки используется учебная база морского тренажерного центра Университета, сертифицированного для подготовки Радиоэлектроников 2 класса ГМССБ. Практикуются выездные занятия с курсантами в Институте навигации и времени, в РЦУДС «Раскат». В учебном процессе используются инновационные и компьютерные технологии – электронные обучающие и контролирующие программы, электронные учебные пособия, проверочные тесты и пр.