Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова сегодня - это комплекс учебно-лабораторных, научно-исследовательских и вспомогательных зданий и сооружений, студенческий городок, медицинский центр, столовая, студенческий спортивно-оздоровительный лагерь "Конаково" на Волге, фундаментальная библиотека, клинические базы в городских больницах, поликлиниках и других лечебно-профилактических учреждениях.
Важнейшими подразделениями университета являются факультеты: лечебный, педиатрический, медико-биологический, психолого-социальный, стоматологический, фармацевтический, международный и факультет по обучению иностранных граждан, кроме того имеются факультеты дополнительного профессионального образования и повышения квалификации.